Laut Untersuchungen von deutschen, schweizerischen und französischen Forschern ist die Belastung des Wassers mit Chemikalien so hoch, dass die von den EU-Mitgliedsstaaten bis 2015 angepeilte Verbesserung der Wasserqualität wohl nicht erreicht wird. Hauptverursacher der Belastung in den untersuchten Flüssen sind die Landwirtschaft und städtische Kläranlagen. Die stärkste Belastung kommt von den Pestiziden.
In bedenklichen Konzentrationen gefunden wurden auch Organozinnverbindungen, bromierte Flammschutzmittel und polyzyklische aromatische Kohlenwasserstoffe, die aus Verbrennungsprozessen stammen. Die Wissenschaftler analysierten Daten zu 223 Chemikalien aus den Einzugsgebieten von 91 Flüssen, darunter des Rheins, der Rhone und der Ostalpen. Die Angaben stammten von mehr als 4000 Messstellen. Die chemische Belastung stellt laut den Forschern für rund die Hälfte der Gewässer ein ökologisches Risiko dar. Bei rund 15 Prozent könnten sogar akut giftige Effekte auf Gewässerorganismen auftreten.